F1 CDx的测序 基因组变异检测方法的“乱斗” 能和侵袭性非常强的癌症搏斗多年，新癌症疗法（靶向和免疫治疗）和基因测序的快速发展可以说是功不可没。 在靶向治疗领域，目前，已经有数十种药物问世，它们靶向不同的基因组变异，包括点突变（碱基替换、插入或缺失），拷贝数变异以及DNA重排，检测出这些变异是进行靶向治疗的第一步，也是靶向治疗的基础。 那么问题来了，如何检测变异呢？ 其实方法很多，传统方法包括扩增阻碍突变系统（ARMS）、荧光原位杂交（FISH）、免疫组化（IHC）和逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）。虽然是“老资格”，技术成熟，但是这些方法都各有利弊。例如，ARMS检测的敏感性很高，但它仅能用于检测已知的碱基替换、插入或缺失。FISH和IHC均可以用于检测DNA重排、扩增和融合突变，但难以对融合突变进行区分[1]。这就意味着，在实际应用中，只使用单一的检测方法可能会导致患者的变异无法被检测到。 事实也确实如此，根据一些临床试验的数据，在肺癌中，有大约35%的ALK基因重排无法通过FISH检测到，而在乳腺癌中，有大约15%的HER2扩增无法通过FISH和IHC检测到。 随着NGS与临床的结合，似乎又给科学家、肿瘤临床医生与病人带来了抗击癌症新的武器。NGS可以一次性的对所有基因或是特定基因进行检测，这是上述的传统方法无法在单次检测中完成的。 不过NGS只是一个技术，如何利用它为癌症患者服务呢？一般情况下，根据不同的癌种，患者可以接受特定的几个或几十个基因的测序。以非小细胞肺癌为例，检测的基因通常包括EGFR、ALK和ROS1，根据突变的类型不同也有不同的靶向药物使用。 除了这三个基因外，在条件允许的情况下，也可以对BRAF、MET、HER2、KRAS和RET这几个基因进行检测。 但此前最经济实用的做法基本上是集中在“热点序列”上，对这些特定的基因变异进行检测。这就如同雪夜的路灯一样，我们只能看到灯光下过往的汽车，而灯光以外的世界有什么？一片漆黑。其结果显而易见，这样的检测会让一些患者会出现“假阴性”。 在2016年的一项研究中，研究人员对250例EGFR外显子19缺失突变的非小细胞肺癌患者肿瘤样本进行了全面基因组测序（CGP），发现有71例患者有可靶向的缺失突变，但是这其中有12例在之前的诊断中为阴性[2]，也就是说，有17%的患者的EGFR外显子19的缺失突变被遗漏了！ 如果没有CGP的话，那么这些患者的恐怕就没有机会接受EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR TKI）的治疗了。 全面基因组测序与抗肿瘤新时代的左膀——靶向治疗 说起CGP，那就不得不提2017年获得FDA上市批准的F1 CDx，它是首个获批的可以应用于多种实体瘤伴随诊断的CGP产品。F1 CDx是由一家美国的初创企业Foundation One研发的产品，这家公司在起步阶段获得了大名鼎鼎的乔布斯，盖茨基金会，以及谷歌的投资，最近又为肿瘤领域的巨搫瑞士罗氏集团收归旗下。 与普通的CGP不同的是，F1 CDx完全聚焦在目前已知的与肿瘤相关的基因上，获批时，F1 CDx检测的肿瘤驱动基因数目为324个。这与人类的所有的基因相比虽然沧海一粟，但优势也是十分明显：第一，与全外显子组测序相比，经济实惠；第二，检测效率高；第三，检测结果可以直接运用到肿瘤临床治疗中。 F1 CDx的测序结果是一份详尽的报告，并会发送给医学专家进行分析，根据可靶向的靶点为患者提供已经获批的药物治疗方案，以及目前FDA已经批准的临床试验中患者有机会可以参加的临床试验，就像开头提到的Bryce一样。

黄4633

来源:觅健 2019-01-16 11:37:08837阅读

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